La Contraloría General es el órgano interno de control de la Benemérita Universidad Autónoma de Puebla, cuyo titular es el Contralor General designado por la máxima autoridad universitaria, el H. Consejo Universitario.
En virtud de su designación, el Contralor General es un funcionario independiente de la administración central que atiende de forma exclusiva y directa las instrucciones y directrices que le señala el H. Consejo Universitario, ante quien rinde informes, y cuyo actuar se acota en primer lugar al cumplimiento de la legislación y normatividad universitaria.
El Estatuto Orgánico de la Benemérita Universidad Autónoma de Puebla establece al Contralor General la responsabilidad de vigilar la adecuada aplicación del patrimonio de la Benemérita Universidad Autónoma de Puebla de conformidad con los planes, programas y presupuestos aprobados por el H. Consejo Universitario.
Para el adecuado cumplimiento de la responsabilidad asignada al Contralor General, el órgano interno de control se constituye en una organización multidisciplinaria regida por profesionalismo, ética y honestidad y comprometida con la legalidad y la transparencia.
Acorde con esta filosofía la Contraloría General realiza actividades de enlace con organismos de control administrativo y presupuestario de distintos niveles y esferas de gobierno.
Con irrestricto respeto a la autonomía constitucional de la BUAP, el Contralor General coadyuva en la rendición de cuentas ante el Organismo de Fiscalización Superior del Estado de Puebla y la Auditoria Superior de la Federación.